सालिम अली का जन्म बॉम्बे के एक सुलेमानी बोहरा मुस्लिम परिवार में 12 नवंबर 1896 को हुआ था। वे अपने परिवार में सबसे छोटे और नौंवें बच्चे थे। जब वे एक साल के थे तब उनके पिता मोइज़ुद्दीन का स्वर्गवास हो गया और जब वे तीन साल के हुए तब उनकी माता ज़ीनत-उन-निस्सा का भी देहांत हो गया। बच्चों का बचपन मामा अमिरुद्दीन तैयबजी और बेऔलाद चाची, हमीदा बेगम की देखरेख में मुंबई की खेतवाड़ी इलाके में एक मध्यम वर्ग परिवार में हुआ। उनके एक और चाचा अब्बास तैयबजी थे जो कि प्रसिद्ध भारतीय स्वतंत्रता सेनानी थे।
सालिम अली अपनी प्राथमिक शिक्षा के लिए अपनी दो बहनों के साथ गिरगांव में स्थापित ज़नाना बाइबिल मेडिकल मिशन गर्ल्स हाई स्कूल में भर्ती हुए और बाद में मुंबई के सेंट जेवियर में दाखिला लिया। लगभग 13 साल की उम्र में वे सिरदर्द से पीड़ित हुए जिसके चलते उन्हें कक्षा से अक्सर बाहर होना पड़ता था। उन्हें अपने एक चाचा के साथ रहने के लिए सिंध भेजा गया जिन्होंने यह सुझाव दिया था कि शुष्क हवा से शायद उन्हें ठीक होने में मदद मिले और लंबे समय के बाद वापस आने के बाद बड़ी मुश्किल से 1913 में बॉम्बे विश्वविद्यालय से दसवीं की परीक्षा उत्तीर्ण हो पाए।
सालिम अली की प्रारंभिक शिक्षा सेंट जेवियर्स कॉलेज, मुंबई में हुई। कॉलेज में मुश्किल से भरे पहले साल के बाद उन्हें बाहर कर दिया गया और वे परिवार के वोलफ्रेम (टंग्सटेन) माइनिंग (टंगस्टेन का इस्तेमाल कवच बनाने के लिए किया जाता था और युद्ध के दौरान महत्वपूर्ण था) और इमारती लकड़ियों की देखरेख के लिए टेवोय, बर्मा (टेनासेरिम) चले गए। यह क्षेत्र चारों ओर से जंगलों से घिरा था और सालिम अली को अपने आपको प्रकृतिवादी (और शिकार) कौशल को उत्तम बनाने का अवसर मिला। उन्होंने जे. सी. होपवुड और बर्थोल्ड रिबेनट्रोप के साथ परिचय बढ़ाया जो कि बर्मा में फोरेस्ट सर्विस में थे। सात साल के बाद 1917 में भारत वापस लौटने के बाद उन्होंने औपचारिक पढ़ाई जारी रखने का फैसला किया। उन्होंने डावर कॉमर्स कॉलेज में वाणिज्यिक कानून और लेखा का अध्ययन किया, हालाँकि सेंट जेवियर कॉलेज में फादर एथलबेर्ट ब्लेटर ने उनकी असली रुचि को पहचाना और उन्हें समझाया।
बॉम्बे नेचुरल हिस्ट्री सोसाइटी (बीएनएचएस) के सचिव डबल्यू. एस. मिलार्ड की देख-रेख में सालिम ने पक्षियों पर गंभीर अध्ययन करना शुरू किया, जिन्होंने असामान्य रंग की गौरैया की पहचान की थी, जिसे युवा सालिम ने खेल-खेल में अपनी खिलौना बंदूक से शिकार किया था। मिलार्ड ने इस पक्षी की एक पीले गले की गौरैया के रूप में पहचान की और सालिम को सोसायटी में संग्रहीत सभी पक्षियों को दिखाया। मिलार्ड ने सालिम को पक्षियों का संग्रह करने के लिए प्रोत्साहित करने के लिए कुछ किताबें दीं जिसमें कहा कि कॉमन बर्ड्स ऑफ मुंबई भी शामिल थीं और छाल निकालने और संरक्षण में उन्हें प्रशिक्षित करने की पेशकश की। युवा सालिम की मुलाकात (बाद के अध्यापक) नोर्मन बॉयड किनियर से हुई, जो कि बीएनएचएस में प्रथम पेड क्यूरेटर थे, जिन्हें बाद में ब्रिटिश संग्रहालय से मदद मिली थी। उनकी आत्मकथा द फॉल ऑफ ए स्पैरो में अली ने पीले-गर्दन वाली गौरैया की घटना को अपने जीवन का परिवर्तन-क्षण माना है क्योंकि उन्हें पक्षी-विज्ञान की ओर अग्रसर होने की प्रेरणा वहीं से मिली थी, जो कि एक असामान्य कैरियर चुनाव था, विशेषकर उस समय एक भारतीय के लिए।
उनकी प्रारंभिक रूचि भारत में शिकार से संबंधित किताबों पर थी, लेकिन बाद में उनकी रूचि स्पोर्ट-शूटिंग की दिशा में आ गयी, जिसके लिए उनके पालक-पिता अमिरुद्दीन द्वारा उन्हें काफी प्रोत्साहन मिला। आस-पड़ोस में अक्सर शूटिंग प्रतियोगिता का आयोजन होता था जहाँ वे पले-बढ़े थे और उनके खेल साथियों में इसकंदर मिर्ज़ा भी थे, जो कि दूर के भाई थे और वे एक अच्छे निशानेबाज भी थे, जो अपने बाद के जीवन में पाकिस्तान के पहले राष्ट्रपति बने।
बॉम्बे में लम्बे अंतराल के अवकाश के दौरान उन्होंने अपने दूर की रिश्तेदार तहमीना से दिसंबर 1918 में विवाह कर लिया।
लगभग इसी समय विश्वविद्यालय की औपचारिक डिग्री न होने के कारण जूलॉजिकल सर्वे ऑफ इंडिया के एक पक्षीविज्ञानी पद को हासिल करने में अली असमर्थ रहे, जिसे अंततः एम.एल. रूनवाल को दे दिया गया, हालाँकि 1926 में मुंबई के प्रिंस ऑफ वेल्स संग्रहालय में हाल में शुरू हुए एक प्राकृतिक इतिहास खंड में 350 रूपए के वेतन पर एक गाइड के रूप में व्याख्याता नियुक्त होने के बाद उन्होंने पढ़ाई करने का फैसला किया। वे दो साल तक नौकरी करने के बाद काम से थक गए थे और 1928 में जर्मनी के लिए अध्ययन अवकाश लेने का फैसला किया, जहाँ उन्हें बर्लिन विश्वविद्यालय के प्राणीशास्त्र संग्रहालय में प्रोफेसर इरविन स्ट्रेसमैन के अधीन काम करना था। जे. के. स्टैनफोर्ड द्वारा एकत्रित नमूनों की जाँच करना उनके काम के एक हिस्से में शामिल था। एक बीएनएचएस सदस्य स्टैनफोर्ड ने ब्रिटिश संग्रहालय में क्लाउड टाइसहर्स्ट के साथ सम्पर्क स्थापित किया था जो बीएनएचएस की मदद के साथ स्वयं कार्य लेना चाहता था। टाइसहर्स्ट ने एक भारतीय को काम में शामिल करने के विचार की सराहना नहीं की और स्ट्रेसमैन की भागीदारी का विरोध किया। इसके बावजूद अली बर्लिन गए और उस समय के कई प्रमुख जर्मन पक्षी विज्ञानियों से मेलजोल बढ़ाया जिसमें बर्नहार्ड रेन्श, ओस्कर हेनरोथ और एर्न्स्ट मेर शामिल थे। उन्होंने वेधशाला हेलिगोलैंड पर भी अनुभव प्राप्त किया।
1930 में भारत लौटने पर उन्होंने पाया कि गाइड व्याख्याता के पद को पैसों की कमी के कारण समाप्त कर दिया गया है। एक उपयुक्त नौकरी खोजने में वे असमर्थ रहे। उसके बाद सालिम अली और तहमीना मुम्बई के निकट किहिम नामक एक तटीय गाँव में स्थानांतरित हुए। यहां उन्हें बाया वीवर के प्रजनन को नज़दीक से अध्ययन करने का अवसर मिला और उन्होंने उसकी क्रमिक बहुसंसर्ग प्रजनन प्रणाली की खोज की। बाद में टीकाकारों ने सुझाव दिया कि यह अध्ययन मुगल प्रकृतिवादियों की परंपरा थी और सालिम अली की प्रशंसा की। उसके बाद उन्होंने कुछ महीने कोटागिरी में बिताया जहाँ के.एम. अनंतन ने उन्हें आमंत्रित किया था। अनंतन एक सेवानिवृत्त आर्मी डॉक्टर थे जिन्होंने प्रथम विश्व के दौरान मेसोपोटामिया की सेवा की थी। अली का सम्पर्क श्रीमती किनलोच से भी हुआ जो लाँगवुड शोला में रहती थी और उनके दामाद आर.सी. मोरिस जो बिलिगिरिरंगन हिल्स में रहता था। इसके बाद उन्हें शाही राज्यों में वहाँ के शासकों के प्रायोजन में व्यवस्थित रूप से पक्षी सर्वेक्षण करने का अवसर मिला जिसमें हैदराबाद, कोचीन, त्रावणकोर, ग्वालियर, इंदौर और भोपाल शामिल हैं। उन्हें ह्यूग व्हिस्लर से काफी सहायता और समर्थन प्राप्त हुआ जिन्होंने भारत के कई भागों का सर्वेक्षण किया था और इससे संबंधित काफी महत्वपूर्ण नोट्स रखे थे।
दिलचस्प बात यह है कि व्हिस्लर शुरू-शुरू में इस अज्ञात भारतीय से काफी चिढ़ गए थे। द स्टडी ऑफ इंडियन बर्ड्स में व्हिस्लर ने उल्लेख किया कि ग्रेटर रैकेट-टेल ड्रोंगो की लंबी पूँछ में आंतरिक फलक पर वेबिंग की कमी होती है। सालिम अली ने लिखा कि इस तरह की अशुद्धियाँ प्रारंभिक साहित्य से चली आ रही हैं और सुस्पष्ट किया कि मेरूदंड के मोड़ के बारे में यह गलत था। शुरू-शुरू में व्हिस्लर एक अज्ञात भारतीय द्वारा गलत सर्वेक्षण से नाराज हुए और जर्नल के संपादक एस॰एच॰ प्रेटर और सर रेगीनाल्ड स्पेंस को “घमंड” से भरा हुआ एक पत्र लिखा। बाद में व्हिस्लर ने फिर से नमूनों की जाँच की और न केवल अपनी त्रुटि को माना बल्कि अली के वे एक करीबी दोस्त भी बन गए।
व्हिस्लर ने सालिम का परिचय रिचर्ड मेनर्टज़ेगन से भी करवाया और दोनों ने मिलकर अफगानिस्तान में अभियान किया, हालाँकि सलिम के बारे में मेनर्टज़ेगन के विचार भी आलोचनात्मक थे लेकिन वे भी दोस्त बन गए। सालिम अली ने मेनर्टज़ेगन के पक्षी कार्यों में कुछ भी ख़ास नहीं पाया लेकिन बाद के कई अध्ययनों में कपटता को पाया गया। मेनर्टज़ेगन सर्वेक्षण के दिनों से डायरी लिखा करते थे और सालिम अली ने अपनी आत्मकथा में उसे पुनः प्रस्तुत किया है। सालिम अली के प्रारंभिक सर्वेक्षणों में उनकी पत्नी तहमीना का साथ और समर्थन दोनों प्राप्त हुआ और एक मामूली सर्जरी के बाद 1939 में उनकी पत्नी की मृत्यु हो जाने के बाद वे एकदम टूट गए। 1939 में तहमीना की मृत्यु के बाद सालिम अली अपनी बहन कम्मो और बहनोई के साथ रहने लगे। अपनी उत्तर्रार्ध यात्रा में अली ने फिन्स बाया कुमाऊं तराई की जनसंख्या की फिर से खोज की लेकिन माउंटेन क्वाली (ओफ्रेसिया सुपरसिलिओसा) की खोज अभियान में असफल रहे और आज भी यह अज्ञातता बरकरार है।
पक्षी वर्गीकरण और वर्गीकरण विज्ञान के विवरण के बारे में अली बहुत ज्यादा इच्छुक नहीं थे और क्षेत्र में पक्षियों का अध्ययन करने में अधिक रुचि रखते थे। अर्स्ट मेर ने रिप्ले को शिकायत करते हुए लिखा कि अली पर्याप्त नमूनों को इकट्ठा करने में विफल रहे हैं: “जहाँ तक संग्रह करने की बात है मुझे नहीं लगता कि वे कभी श्रृंखला एकत्रीकरण की आवश्यकताओं को समझ सके हैं। शायद आप ही इसके बारे में उसे समझा सकते हैं।” बाद में अली ने लिखा कि उनकी दिलचस्पी “प्राकृतिक पर्यावरण में जीवित पक्षी में है।”
सिडना डिलन रिप्ले के साथ सालिम अली का साथ कई नौकरशाही समस्याओं की ओर उन्मुख हुआ। अतीत में रिप्ले की ओएसएस एजेंट होने के चलते उन्हें कई आरोपों को झेलना पड़ा जिसमें सी.आई.ए. के भारतीय पक्षी कारोबार में भागीदार होने का आरोप शामिल था।
सालिम अली ने अपने दोस्त लोके वान थो के साथ पक्षियों की तस्वीरें निकालने में थोड़ी बहुत दिलचस्पी दिखायी। लोके ने अली का परिचय बीएनएचएस सदस्य और रॉयल इंडियन नेवी के लेफ्टिनेंट कमांडर जेटीएम गिब्सन से करवाया जिन्होंने स्विट्जरलैंड में एक स्कूल में लोके को अंग्रेजी सिखायी थी। वे सिंगापुर के एक अमीर व्यापारी थे और पक्षियों में उनकी काफी गहरी रुचि थी। लोके ने अली और बीएनएचएस की मदद वित्तीय समर्थन के साथ की। भारत में पक्षीविज्ञान के ऐतिहासिक पहलुओं के बारे में भी अली की काफी दिलचस्पी थी। लेखों की एक शृंखला में, अपने पहले प्रकाशन में उन्होंने मुगल सम्राटों के प्राकृतिक इतिहास के योगदान की जाँच की। 1971 के सुंदर लाल होरा स्मारक व्याख्यान और 1978 के आजाद मेमोरियल व्याख्यान में उन्होंने भारत में पक्षी अध्ययन का महत्व और इतिहास के बारे में बात की।
सालिम अली के कई विचार अपने समय के मुख्यधारा के विचारों से विपरीत थे। एक ऐसा सवाल जिसे अक्सर उनसे पूछा जाता था वह था पक्षी के नमूनों के संग्रह का, विशेष कर बाद के जीवन में जब वे संरक्षण संबंधित सक्रियता के लिए जाने जाते थे, हालाँकि कभी शिकार (आखेट) साहित्य के प्रशंसक रहे अली के विचार शिकार को लेकर कड़े रहे लेकिन उन्होंने वैज्ञानिक अध्ययन के लिए पक्षियों के नमूनों का संग्रह जारी रखा। उनके अपने विचार थे कि वन्य जीव संरक्षण के अभ्यास को व्यावहारिकता की आवश्यकता है और उसे अहिंसा जैसे दर्शन पर आधारित नहीं करना चाहिए। वे एक मुसलमान घर में पले-बढ़े थे और अपने बचपन के दिनों में उन्हें बिना अरबी समझे ही कुरान पढ़ना सिखाया गया था। अपने वयस्क जीवन में उन्होंने उसे तिरस्कृत किया क्योंकि उन्होंने प्रार्थना को एक आडम्बरपूर्ण अभ्यास समझा। उन्हें “बड़े-बूढ़ों के पाखंडी दिखावे” से खीझ होती थी। 1960 के दशक के प्रारम्भ में भारत के लिए राष्ट्रीय पक्षी पर विचार किया जा रहा था और सालिम अली चाहते थे कि वह पक्षी ग्रेट इंडियन बस्टर्ड हो, हालाँकि भारतीय मोर के पक्ष में इस प्रस्ताव को खारिज कर दिया गया।
सालिम अली ने कई पत्रिकाओं के लिए लिखा, मुख्य रूप से जर्नल ऑफ द बॉम्बे नेचुरल हिस्टरी सोसायटी के लिए लगातार लिखा। साथ ही उन्होंने कई लोकप्रिय और शैक्षिक पुस्तकें भी लिखी, जिनमें से कुछ अभी भी प्रकाशित नहीं हुई हैं। इसके लिए अली ने तहमीना को श्रेय दिया है जिसने इनकी अंग्रेजी में सुधार करने के लिए इंग्लैंड में अध्ययन किया था। उनके कुछ साहित्यिक लेखों को अंग्रेजी लेखन के संग्रह में इस्तेमाल किया गया था। 1930 में इन्होने एक लोकप्रिय लेख लिखा था जिसका शीर्षक है स्टॉपिंग बाय द वुड्स ऑन ए संडे मॉर्निंग, जिसका पुनः प्रकाशन 1984 में उनके जन्मदिवस के अवसर पर इंडियन एक्सप्रेस में किया गया था। उनका सबसे लोकप्रिय कार्य ‘द बुक ऑफ इंडियन बर्ड्स’ पुस्तक थी, जिसे व्हिस्लर की पोपुलर हैंडबुक ऑफ बर्ड्स की शैली में लिखी गई और इसके पहले संस्करण का प्रकाशन 1941 में किया गया, इसका अनुवाद कई भाषाओं में किया गया और इसके 12 संस्करण प्रकाशित किए गए। पहले दस संस्करणों की छियालिस हजार से भी अधिक प्रतियों की बिक्री हुई। 1943 में पहले संस्करण की समीक्षा अर्नस्ट मेर द्वारा की गई थी, जिन्होंने इसकी सराहना की, हालाँकि उन्होंने टिप्पणी करते हुए कहा कि इसके चित्र अमेरिकी बर्ड बुक के स्तर के नहीं है।
उनकी सर्वोत्कृष्ट कृति डिल्लन रिप्ले के साथ लिखी हैंडबुक ऑ। द बर्ड्स ऑफ इंडिया एंड पाकिस्तान थी जो 10 खण्डों वाली थी और इसे केवल “हैंडबुक” के रूप में उल्लेख किया जाता है। इस कार्य को 1964 में शुरू किया गया था और 1974 में समाप्त हुआ और इनकी मृत्यु के बाद अन्य के द्वारा इसके दूसरे संस्करण को पूरा किया गया जिसमें बीएनएचएस के जे॰एस॰ सेराव, ब्रुस बीहलर, माइकल डेलफायज और पामेला रसमुसेन उल्लेखनीय हैं। “हैंडबुक” का एकमात्र “कॉम्पैक्ट संस्करण” का भी निर्माण किया गया और अनुपूरक निदर्शी कार्य ए पिक्टोरिएल गाइड टू द बर्ड्स ऑफ द इंडियन सबकॉटिनेंट, जिसका चित्र जॉन हेनरी डिक द्वारा किया गया था और सह-लेखक डिल्लन रिप्ले थे और इसका प्रकाशन 1983 में किया गया था, इन प्लेटों का इस्तेमाल हैंडबुक के दूसरे संस्करण में भी किया गया। 20 जून 1987 को इनका देहांत हो गया।